El convento se fundó en 1224, bajo la regla de San Damián y la advocación de Santa Catalina, que posteriormente cambió por el de Santa Clara. Se tiene constancia documental de que las clarisas se establecieron en él en 1286.
A principios del siglo XIX, Bernardo de los Ríos, al mando del Regimiento Provincial de Soria, buscando un cuartel adecuado para sus tropas, ocupó el convento de Santa Clara, militarmente interesante por su elevada ubicación, estratégica posición y disposición junto a un lienzo de muralla. Por tal motivo, iglesia y convento se desacralizaron en 1834, obligando a las monjas a trasladarse a una casa contigua a la desaparecida iglesia de San Clemente y posteriormente, en 1854, al convento de Santo Domingo donde está el convento de clarisas desde entonces.
Entre sus muros vivió sor Clara de la Concepción Sánchez (1902-1973), declarada Venerable Madre por el papa Francisco el 3 de abril de 2014.
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